Výber vhodného magnetického separátora si vyžaduje zváženie viacerých faktorov vrátane vlastností materiálu, kapacity spracovania, presnosti separácie a prevádzkového prostredia. Napríklad pre jemnozrnné magnetické materiály by sa mal zvoliť magnetický separátor s vysokou intenzitou magnetického poľa a veľkým gradientom; pre aplikácie s veľkými objemami spracovania by sa mala zvoliť kompaktná štruktúra a vysoká kapacita spracovania.
Údržba magnetického separátora je rovnako dôležitá. Pravidelné čistenie nečistôt a prachu vo vnútri separátora, kontrola sily a rovnomernosti magnetického poľa a rýchla výmena opotrebovaných dielov sú kľúčom k zaisteniu dlhodobej-stabilnej prevádzky magnetického separátora.
